Император Юстиниан I (527–565), невежественный противник науки и просвещения, доброжелательно относившийся к христианству, в 529 году закрыл Платоновскую академию и другие классические школы, в которых многие христиане получали философское и литературное образование, однако им не было замены, соответствующих христианских школ не открывалось. Императоры-иконоборцы закрывали христианские храмы, уничтожали библиотеки, закрывали монастыри, превращая их в казармы для своих гвардейцев. Уничтожение библиотек приводило к сокращению обилия источников, что отражалось на состоянии богословской мысли. Вследствие этого богословы того времени работали в тех рамках, которые были определены великими авторитетами отцов Церкви и особенно догматическими определениями Вселенских соборов. Измученная борьбой и ересью богословская мысль этого времени боязливо относилась к новым исследованиям, опасаясь заблуждений. В этих условиях способные люди чуждались религиозной литературы, в области богословия установился индифферентизм. Громкий и блестящий век Юстиниана, богатый знаменитыми юристами, полководцами, архитекторами и вообще образованными и талантливыми людьми, не знает ни одного знаменитого церковного писателя.

Международная обстановка также не благоприятствовала духовному просвещению. Нападения персов, их погромы в Палестине и других областях империи, их десятилетняя стоянка около Константинополя вызывали тревожное настроение в трудовом и образованном населении империи. Но особенно непоправимый вред духовному просвещению на Востоке нанесли арабы-мусульмане. На пути арабских завоеваний оставались одни развалины. Три восточных патриархата: Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский были разорены до основания и уже никогда не смогли оправиться от этих потрясений. Развитие богословской мысли, центром которого были эти патриархаты, погасло, что отразилось и в далеком будущем. Некоторое оживление в просвещении, начавшееся в половине IX века на Востоке, где частично было восстановлено классическое образование, не стабилизировало общее состояние просвещения.

Что касается Запада, то там просвещение находилось еще на более низкой ступени. Решительный удар просвещению на Западе был нанесен разгромом Римской империи варварами. С падением Рима под его развалинами надолго было погребено классическое образование. Для Запада наступил долгий период невежества, доходившего до варварства. Упадок просвещения настолько был велик, что в некоторых регионах Римской империи исчезла грамотность, школы пустовали, латинский язык частично был забыт, а частично подвергся искажению, а высшее западное духовенство часто не обладало элементарным образованием.