В целом крестовые походы оказали на Сирию катастрофическое влияние. Опасаясь возвращения франков, из которых часть просто перебралась за море на Кипр, мамлюки разрушили Акку, Арсуф, Кесарию, Тир, Триполи и других порты. Айюбиды уничтожили Аскалан. После Акки самым процветающим городом Франкской Сирии был Тир. Ибн Джубайр считал его укрепления неприступными; Абу-ль-Фида лишь век спустя нашел его в развалинах и запустении. Мусульмане-диссиденты, в том числе шииты, исмаилиты и нусайриты, которые, если верить Ибн Джубайру, в то время превосходили численностью суннитов и нередко поступались своей верностью исламу, помогая франкам, теперь были разгромлены; их остатки искали себе убежище в Центральном Ливане и Бекаа. Мамлюк аль-Ашраф потребовал от друзов внешнего согласия с суннитским исламом, но оно продержалось недолго. Бейбарс принуждал нусайритов строить мечети в своих селениях, но не мог заставить их там молиться. Вместо этого они превратили мечети в ясли для своего скота и вьючных животных. Мамлюкские султаны методично опустошали Ливан, проводя политику «выжженной земли». Особенно разрушительной стала кампания ан-Насира 1306 года, которая привела к фактическому истреблению жителей Кисравана. Тамошних шиитов заменили курды и туркмены; позднее с севера явились марониты, чтобы довершить дело и заполнить пустоту. В 1294 году султаны поручили защиту Бейрута от морских вторжений роду Бухтуридов, которых сделали эмирами Аль-Гарба. К этому роду принадлежал летописец Салих ибн Яххья. После этого Ливан стал меньше ориентироваться на запад; он в целом принял тот вид, который сохранил до наших дней. Фактически вся Сирия к тому времени имела уже почти все те элементы цивилизации, которыми обладала вплоть до начала XIX века, когда на ее берега хлынула новая волна западных идей и культурных элементов.

Коренные христиане пострадали не меньше, чем мусульмане-раскольники. Между сирийскими христианами и их соседями-мусульманами зародилась определенная враждебность, которая едва ли существовала раньше и еще не полностью изжита. Встревоженные готовностью христиан Эдессы и Антиохии помогать крестоносцам, мусульманские правители Иерусалима отняли все деньги и имущество, находившееся во владении живших в городе христиан, и выгнали их, за исключением престарелых, больных, женщин и детей. Когда крестоносцы вошли в Иерусалим, они нашли немногих уцелевших. В Ливане марониты получили от латинян все церковные и гражданские права, которыми пользовались римские католики. Когда в 1191 году Салах-ад-Дин взял Бейрут, тысячи маронитов переселились на Кипр, где до сих пор живут тысячи их потомков. Армянская и яковитская общины установили более тесные, чем когда-либо прежде, отношения с латинянами, но их сближение не привело к заключению союза.