Перед тем как была объявлена капитуляция, Токажевский представил собравшимся план организации подпольного сопротивления. Генерал Руммель дал ему полномочия на «проведение дальнейшей борьбы за сохранение независимости и целостность границ». В среду, 27 сентября 1939 года, «брат Торвид» приступил к созданию тайной военной группировки «Служение победе Польши», которая позднее превратилась в Союз вооруженной борьбы, а затем – в Армию Крайову. Сотрудничать с ним вызвались офицеры, которые решили прятаться в стране и бороться, вместо того чтобы идти в рабство к немцам. Среди них были, в частности, подполковник Леопольд Окулицкий и полковник Стефан Ровецкий. Из шестнадцати членов штаба организации четверо принадлежали к ложе «Le Droit Humain»: кроме Токажевского – Янина Карасювна, Галина Кшижановская и Тадеуш Крук-Стшелецкий.

В 1940 году шестнадцатилетняя Ханя, для безопасности сменив фамилию на «Коссовская», включилась в подпольное движение сопротивления. Она работала в авиационной разведке. Жила с матерью на Жолибоже. Корчак часто бывал у них до того, как Дом сирот переместили в гетто. В июне 1944 Ханю арестовали и посадили в Павяк, потом отправили в лагерь в Равенсбрюк. Она выжила. После освобождения вернулась в Польшу, сдала выпускные экзамены в школе, работала в Бюро восстановления столицы.

В 1942 одиннадцатилетнего Кшися Лыпацевича приняли в «Серые ряды», тайную харцерскую организацию, которая готовила своих участников к борьбе с оккупантом. Ему было тринадцать, когда он принял участие в Варшавском восстании в качестве связного. Арестованный польскими властями в 1951 году за оккупационную деятельность, Кшись получил шесть лет каторжных работ. Через три года его выпустили условно из-за плохого состояния здоровья. С 1980 года он был участником «Солидарности», во время военного положения его интернировали, с 1990-го он занимал должность вице-воеводы Варшавы.

В 1940 году Союз вооруженной борьбы назначил Токажевского комендантом львовского региона и выслал на территории, оккупированные Россией. Его схватили, но по фальшивым документам не смогли установить личность. Отправили на лесоповал под Архангельск, оттуда он попал в лагерь над Печорой. Токажевский вновь объявился летом 1941 года, когда после нападения Гитлера на Советский Союз, благодаря польско-советскому соглашению объявили амнистию для польских граждан и начали формировать на территории СССР польскую армию под руководством выпущенного с Лубянки генерала Владислава Андерса.

Когда армию эвакуировали из СССР на Ближний Восток, Токажевский выполнял обязанности заместителя Андерса. После окончания войны он не вернулся домой. Возвращение означало бы смертный приговор. Среди поляков, живущих на Западе, долго теплилась надежда, что еще не все потеряно, что решение Ялтинской конференции отменят, что еще появится шанс вернуться в независимую Польшу с оружием в руке. Токажевский поселился в Лондоне, где устроился рабочим на фабрике, одновременно участвуя в деятельности британских масонских лож и в теософском движении. В 1954 году эмигрантское правительство назначило его генеральным инспектором вооруженных сил и министром военных дел. Он умер в 1964 году в Касабланке. В завещании просил, чтобы его прах перевезли в Польшу. И чтобы часть праха захоронили на кладбище защитников Львова, когда город будет свободен, часть закопали на поляне среди менженинских сосен, часть высыпали в Буг, под урочищем Менженин.