В этой ядовитой атмосфере министр обороны Уилсон 2 декабря 1953 года позвонил Эйзенхауэру и спросил, читал ли он последнее донесение Дж. Эдгара Гувера о докторе Оппенгеймере. Айк ответил, что не читал. Уилсон заметил, что новое донесение «самое худшее из всех». Накануне вечером, сообщил Уилсон, ему звонил Стросс и предупредил, что «Маккарти знает об этом документе и может использовать его против нас». Эйзенхауэр ответил, что его не волнуют возможные действия Маккарти. Тем не менее, сказал он, дело Оппенгеймера следует довести до сведения генерального прокурора Герберта Браунелла. «Репутация [Оппенгеймера] не пострадает, — заявил президент Уилсону, — если только не найдутся существенные улики». Уилсон (ошибочно) заявил, что «и брат, и жена Оппенгеймера являются коммунистами. Этот факт и прежние связи делают его крайне ненадежным, если у нас возникнут проблемы с коммунистами».

Закончив телефонный звонок с Уилсоном и еще не прочитав документ, Эйзенхауэр отметил в своем дневнике, что донесение ФБР «выдвигает очень серьезные обвинения, некоторые из них — нового характера». Хотя предъявление обвинительного акта было прерогативой генерального прокурора, Айк написал: «Я очень сомневаюсь, что у них есть такие улики». В то же время он решил прервать все контакты Оппенгеймера с официальными лицами правительства. «Печальный факт состоит в том, что, если обвинения правдивы, то в самом центре наших атомных разработок с первых же дней сидел человек, который… разумеется, доктор Оппенгеймер — один из тех, кто настойчиво призывал больше делиться ядерной информацией с миром», — написал в дневнике Эйзенхауэр, забыв добавить, что сам же и одобрил это назначение.

Рано утром на следующий день Эйзенхауэр встретился с секретарем по национальной безопасности Робертом Катлером, который посоветовал принять немедленные меры против Оппенгеймера. В десять утра Эйзенхауэр вызвал в Овальный кабинет Стросса и спросил, читал ли он последнюю справку ФБР на Оппенгеймера. Стросс, разумеется, читал и ее, и письмо Бордена, на котором она основывалась. После непродолжительной беседы президент распорядился немедленно ввести «полный запрет» на «доступ этого лица [Оппенгеймера] к любой закрытой или секретной информации».

В течение дня Эйзенхауэр написал в дневнике, что за «короткое время», которое у него заняло чтение «так называемых “новых” обвинений», он быстро понял — «в них ровным счетом нет ничего, кроме ссылки на письмо некого Бордена». После чего дал точную оценку его содержания: «Это письмо представляет мало новых доказательств». Президенту, по его собственному признанию, уже докладывали: «основная масса» этой информации «постоянно пересматривалась и перепроверялась много лет, и все проверки заканчивались одним и тем же выводом — ничего подразумевающего нелояльность со стороны доктора Оппенгеймера не обнаружено. Однако это не означает, что риска для безопасности не существует».