В 1795 году Кутузова назначают главнокомандующим сухопутными войсками, флотилией и крепостями в Финляндии. Одновременно с этим он является Казанским и Вятским генерал-губернатором и директором Императорского Сухопутного шляхетного кадетского корпуса. Последнее назначение явилось свидетельством высокого доверия к военачальнику лично императрицы Екатерины: в стенах Сухопутного кадетского корпуса ковались будущие главные кадры Русской императорской армии. Патриотизм, преподанный кадетам Кутузовым, станет визитной карточкой всех российских офицеров.

После смерти «матушки Екатерины» и воцарения на российском троне Павла I в России многое изменилось. За четыре с небольшим года своего правления Павел Петрович уволил из армии 7 фельдмаршалов, более 300 генералов, почти 2000 высших офицеров; около 12 000 чиновников и военных было выслано в Сибирь. И все же Кутузову удалось выстоять, несмотря на то что среди пострадавших многие были познатнее, побогаче и помоложе нашего героя. Помогли старые связи и способность генерала дружить с «нужными людьми», держа, что называется, нос по ветру.

Дело в том, что Михаил Илларионович был прост только с виду; знающие люди шептались: на самом деле он являлся хитрым и ловким придворным. Например, уже будучи в немолодом возрасте, военачальник-дипломат очень заискивал перед юным фаворитом императрицы Екатерины II Платоном Зубовым. Он специально спозаранку приезжал к всесильному вельможе за час до его пробуждения и лично готовил тому кофе по «собственной технологии». Будучи обласкан при дворе, Кутузов, в отличие от того же Суворова, плел интриги не хуже прочих. Начало нового столетия придворный дипломат встретил Литовским генерал-губернатором. В сентябре 1800 года император Павел I лично вручил полководцу орден Святого Андрея Первозванного.

С марта 1801 года началась эпоха Александра I. Генерал Кутузов был назначен Санкт-Петербургским и Выборгским военным губернатором. Но это не спасло его от опалы: отправленный в отставку, он был вынужден уехать в свое имение Горошки на Житомирщине.

После того как в 1804 году Россия вошла в коалицию для борьбы с Наполеоном, в Австрию было отправлено две армии, главнокомандующим одной из которых (Подольской) был назначен опальный Кутузов. Однако война за чужие интересы принесла одни разочарования. Поражение под Ульмом и трагедия Аустерлица заставили царя Александра сесть за стол переговоров с Бонапартом. А «неудачливого полководца» император убрал с глаз долой подальше, назначив Киевским военным губернатором.