Когда речь идет о работе следователей не только ОО НКВД, как составной части репрессивной политики советского государства, то по существу она была обусловлена не только военным временем, возрастанием преступности, активизацией противников советской власти, но и сложившимися правилами и традициями 1930-х гг. Нельзя даже предположить, что она внесла какие-либо коренные изменения: те же методы, в том числе, и применение физического воздействие при допросах. Широкие права, данные особым отделам в начале войны, нередко приводили к скорому, неправедному суду над подчиненными, подмене карательной политикой воспитательной работы. «Война все спишет» были не только словами, а служили прикрытием для незаконных действий не только для ряда командиров, но и оперативных работников. И совершенно прав известный историк Н. Петров, утверждающий, что практически весь инструментарий, наработанный в годы «Большого террора», остался на вооружении НКВД[568]. Но в условиях жесточайшей борьбы, когда решалась судьба народов Советского Союза, он стал более жестким. В деятельности руководящего и оперативного состава органов госбезопасности продолжали сказываться стереотипы прошлых лет: направленные на борьбу с пресловутыми «врагами народа»; тенденция к охвату больших масс населения страны, заведение большого количества материалов и дел, нередко по необоснованным и недостаточно проверенным данным; нарушение законности в следственной работе. Многие руководители ОО НКВД фронтов выступали против применения физического воздействия к арестованным, «выбивания» у них показаний, извращения показаний арестованных и других нарушений во время проведения следствия в частях армий и дивизий.

В качестве особенности начала войны следует отметить, что в условиях исключительно тяжелой обстановки работа оперативных и следственных подразделений ОО не всегда соответствовала действовавшему на тот период времени законодательству, в том числе в сборе объективных доказательств виновности военнослужащих. Об этом свидетельствует дело командующего Западным фронтом, генерала армии Д.Г. Павлова, арестованного 14 июля в м. Довске по распоряжению ЦК ВКП (б). Были арестованы и другие руководители Западного фронта. Их объявили участниками антисоветского военного заговора. И вместо того, чтобы назначить расследование причин поражения советских войск в приграничном сражении, И.В. Сталин занялся поиском «козлов отпущения» и нашел их в лице командования Западного фронта. После ареста их били, пытали до тех пор, пока они не признались в участии в заговоре против Сталина. Но, в конечном счете, это обвинение было снято. В окончательной версии обвинения было написано, что арестованные генералы «проявили трусость, бездействие власти, нераспорядительность, допустили развал управления войсками». В дальнейшем выяснилось, что поступки некоторых генералов из приказа № 270 1941 г. также были надуманы, а сами герои ошельмованы. Царил невероятный произвол. Например, в этом приказе обвинен в переходе на сторону противника командующий 28-й армией генерал-лейтенант Качалов. На самом деле он погиб в бою еще 4 августа 1941 г.[569].