В работе следователей ОО НКВД отмечались и другие недостатки. Так, были установлены случаи, когда показания арестованных заносились в протоколы допроса извращенно, не дословно, как этого требовал приказ НКВД. И некоторые нач. ОО терпимо относились к такого рода нарушениям. Они предупреждались об ответственности вплоть по отдачи под суд военного трибунала. И многие нач. ОО НКВД принимали меры для улучшения следственной работы по делам арестованных агентов спецслужб противника. По этому поводу в указании нач. ОО НКВД Южного фронта П.В. Зеленина № 003260 от 18 ноября 1941 г. был отмечен ряд недостатков. Прежде всего, поверхностное ведение следствия, которое снижало результаты борьбы с агентурой противника. Следствие по делам агентов велось поверхностно, зачастую не выяснялись такие вопросы, как: обстоятельства, при которых военнослужащий оказался на территории противника, когда, кем и где был завербован, какие задания получил и др.

Зеленин предложил нач. ОО армий и дивизий фронта: все следствие по делам разоблаченных агентов противника сосредоточить в следственных частях ОО НКВД фронта и армий и в ОО НКВД по охране тыла Южного фронта. При этом он подчеркивал, что кроме военнослужащих частей РККА ОО и отделения дивизий, бригад и пограничных войск НКВД оперативный состав заградительных отрядов и постов ведет предварительное расследование. Нач. ОО НКВД армий и охраны тыла фронта для ведения следствия по делам агентуры противника выделять постоянный состав опытных следователей, тщательно проинструктировать их по вопросу улучшения следствия, ввести в практику работы по линии КРО перевербовку немецкой агентуры и другие меры[573].

4 марта 1942 г. в своем письме зам. нач. ОО НКВД Южного фронта Ш.К. Шарашенидзе в ОО НКВД 12-й армии потребовал устранить недостатки в расследовании уголовных дел и не допускать нарушений уголовно-процессуального законодательства. Он указал, что следственное дело по обвинению С.А. Скакуна вел следователь Сокол, оно было начато 15 декабря 1941 г. и закончено 15 января 1942 г. без санкции прокурора. Аналогичное нарушение было и в следственном деле по обвинению П.С. Федоренко. Производивший следствие по делу Ермакова сотрудник ОО НКВД 12-й армии политрук И.С. Митяев к своим обязанностям отнесся недобросовестно, протоколы в допросе обвиняемого оформлены небрежно и поверхностно, без уточнения обстоятельств времени и места вербовки Ермакова немецкой разведкой. И Митяев не принял мер к устранению имевшихся в деле грубых противоречий.

9 марта 1942 г. нач. ОО НКВД 12-й армии В.Г. Иванов сообщил Шарашенидзе о том, что за допущенные нарушения УПК и небрежное оформление следственных документов отстранены от ведения следствия ст. следователь ст. лейтенант ГБ Эрик, следователь сержант ГБ Сокол и политрук Митяев. На оперативном совещании со следственным аппаратом были проанализированы все недочеты в следственной работе и обращено внимание следователей на недопущение нарушений норм УПК.