Сразу после получения самоуправления Сингапур в течение нескольких лет имел три различных конституционных устройства: как колония британской короны с 1959 по 1963 год, как часть новой конфедерации под названием Малайзия с 1963 по 1965 год и как независимое суверенное государство после 1965 года. Именно в этот период, близкий к концу колониального правления, были заложены основы современного сингапурского государства. Ли собрал внушительный кабинет министров, включая экономиста Го Кенг Сви (назначенного министром финансов) и журналиста С. Раджаратнама (назначенного министром культуры), которые разработали планы по улучшению социальных условий в городе.

Новый Совет по жилищному строительству и развитию (HDB) вскоре приступил к масштабному строительству высотных жилых объектов, с целью предоставить всем сингапурцам доступ к недорогому жилью практически одного и того же типа; жители имели право выкупать свои квартиры у HDB по установленным ценам. Ли назначил компетентного и динамичного бизнесмена Лим Ким Сана руководить советом; под руководством Лима за три года было построено больше жилья, чем британцы за предыдущие тридцать два года. Со временем Сингапур превратился в полностью городское общество домовладельцев, обеспечив каждой семье долю в будущем Сингапура в виде собственности. Как отметил Ли в своих мемуарах, тесная связь индивидуального экономического процветания с благополучием государства также "обеспечила политическую стабильность", которая, в свою очередь, усилила экономический рост. В то же время система расовых и доходных квот в жилых районах Сингапура сначала поставила предел этнической сегрегации, а затем постепенно устранила ее. Живя и работая вместе, сингапурцы, принадлежащие к разным этносам и религиям, начали развивать национальное самосознание.

Ли так же быстро принялся за искоренение коррупции. Уже через год после вступления в должность его правительство приняло Закон о предотвращении коррупции, который предусматривал суровые наказания за коррупцию на всех уровнях власти и ограничивал правовые процедуры для подозреваемых во взяточничестве. Под руководством Ли коррупция была быстро и безжалостно подавлена. Ли также подверг все иностранные инвестиции тщательному контролю, лично проводя некоторые из бескомпромиссных проверок своей администрации. Его строгое соблюдение законов Сингапура укрепило его репутацию честного и безопасного места для ведения бизнеса.

Для достижения своих целей Ли полагался на наказание государственных служащих за неудачи, а не на поощрение их путем повышения заработной платы; фактически, его правительство сначала сократило ее. Только в 1984 году, когда Сингапур стал более богатым, Ли принял свою фирменную политику привязки заработной платы государственных служащих к 80 процентам от сопоставимых ставок в частном секторе. В результате государственные служащие Сингапура стали одними из самых высокооплачиваемых в мире. Успех в борьбе с коррупцией остается "моральной основой правления [ПАП]", как заметил один из видных сингапурских ученых.