В 1966 году Индонезия предоставила дипломатическое признание Сингапуру, который доказал свою устойчивость в борьбе с Конфронтаси. К 1971 году Сингапур создал семнадцать батальонов национальной службы и еще четырнадцать резервных батальонов. Несмотря на огромное бюджетное давление, Ли нашел средства для быстрого приобретения воздушных и военно-морских сил, необходимых для надежного сдерживания соседей Сингапура. В дальнейшем он делал упор на новейшие технологии и строгую подготовку в качестве "умножителей силы", чтобы компенсировать ограниченность территории и людских ресурсов острова. Через поколение вооруженные силы Сингапура стали самыми боеспособными в Юго-Восточной Азии - источником национальной гордости и единства, а также иностранного восхищения, в том числе со стороны Министерства обороны США.

В отличие от многих других постколониальных лидеров, Ли не стремился укрепить свое положение путем натравливания друг на друга различных общин страны. Напротив, он полагался на способность Сингапура формировать чувство национального единства среди конфликтующих этнических групп. Несмотря на интенсивное межэтническое насилие, предшествовавшее независимости, он бросил вызов центробежным силам, присущим составу Сингапура, и сформировал сплоченную национальную идентичность. Как он выразился в 1967 году:

Только когда вы предлагаете человеку - без различий на основе этнических, культурных, языковых и других различий - шанс принадлежать к этому великому человеческому сообществу, вы предлагаете ему мирный путь к прогрессу и к более высокому уровню человеческой жизни.

Подход Ли заключался не в подавлении разнообразия Сингапура и не в его игнорировании, а в том, чтобы направлять его в нужное русло и управлять им. Любой другой курс, утверждал он, сделал бы управление невозможным.

Самой новаторской инициативой Ли была его языковая политика. Как управлять городом-государством, где 75% населения говорит на различных китайских диалектах, 14% - на малайском, а 8% - на тамильском? После провала слияния с Малайзией Ли больше не выступал за то, чтобы сделать малайский язык государственным. Однако о том, чтобы сделать мандарин официальным языком, по мнению Ли, "не могло быть и речи", поскольку "25 процентов населения, которые не являются китайцами, взбунтовались бы". Английский долгое время был рабочим языком правительства, но лишь немногие сингапурцы говорили на нем как на родном, как это делал Ли. Его решением стала политика двуязычного образования - требование к англоязычным школам преподавать мандаринский, малайский и тамильский языки при обязательном преподавании английского во всех остальных школах. В конституции Сингапура закреплены четыре официальных языка: малайский, мандаринский, тамильский и английский. Как сказал Ли в 1994 году: