После разгрома Крёза быстро усилившаяся Персидская держава подчинила себе греческие города Малой Азии. Установленные ею порядки, прежде всего большие налоги, вызывали растущее недовольство греческих полисов региона. И в 499 г до н. э. началось Ионийское восстание, возглавляемое Милетом. Более подробно я рассказал о нем в главе, посвященной Милету.

После поражения восстания, падения и разорения Милета персидские войска пришли и в Дидиму. Они разрушили храм и увезли статую Аполлона в Эктабану, одну из тогдашних столиц Персии. Семья Бранхидов сразу сдалась на милость победителей, передала им хранившиеся в храме значительные сокровища и перешла на службу к победителям, перебравшись в персидскую провинцию Согдиана, располагавшуюся в междуречье Амударьи и Сырдарьи. Сегодня эта территория разделена между Узбекистаном и Таджикистаном.

После такого разгрома святилище пришло в упадок. Священный источник пересох, а об оракуле перестали вспоминать.

В таком запустении Дидима пребывала 150 лет — до самого приходя сюда Александра Македонского. После освобождения Милета от персов, в 334 г. до н. э., он прибыл в Дидиму, чтобы лично подтвердить священность и значимость этого места, распорядившись построить здесь новый храм, значительно больше старого. Новый храм, по его замыслу, должен был стать грандиозным сооружением, увековечивающим величие греков и его самого. Колоннада нового храма должны была насчитывать 120 колонн, диаметром более 2 м и более 20 м высотой каждая.

Священный источник вдруг наполнился водой, а лавровые деревья дружно зазеленели. Появившийся здесь новый оракул провозгласил Александра сыном верховного греческого бога Зевса и предсказал ему победу над персидским царем Дарием III под Гавгамелами. Такую победу, ставшую решающей в войне, Александр действительно одержал, в октябре 331 г до н. э. Правда, до этого, в ноябре 331 г. до н. э. он разгромил персидскую армию в битве при Иссе. Предвидел ли оракул это сражение, и какой прогноз он дал в отношении него, история умалчивает.

Александр оказался злопамятным. Окончательно сокрушив Персидское царство, он добрался и до семьи Бранхидов. По его приказу все члены семьи, мужского пола, несмотря на то, что с момента их бегства к персам прошло более 150 лет, были казнены, а женщины были проданы в рабство.

Помня о предательстве семьи Бранхидов, святилище стало работать по новым правилам. Теперь управление им было отдано не одной какой-то семье, пусть даже с заявляемым родством с самим Аполлоном, а городу Милету, который каждый год назначал главного жреца.