12 октября 1882 г. приказом нового Туркестанского генерал-губернатора Михаила Григорьевича Черняева (1828–1898) был, «по прошению», уволен «со службы, с мундиром». Причиной тому, как считают историки, — ссора М. Г. Черняева с Ч. Ч. Валихановым, следствием чего и стала «чистка администрации Черняева от друзей Валиханова». После освобождения М. Г. Черняева от должности генерал-губернатора вернулся в Туркестан и был зачислен «сверхштатным чиновником канцелярии» нового генерал-губернатора. Сопровождал его, в составе «путевой канцелярии», во время поездки в Петербург (1886).

Известно, что в 1885 г. рассматривался вопрос о «возможности использования Ш. Ибрагимова по ведомству просвещения». В характеристике на него, попавшей на рассмотрение обер-прокурора Святейшего Синода Константина Петровича Победоносцева (1827–1907) говорилось: «Ш. Ибрагимов известен как отличный знаток азиатских языков и дельный дипломат, … как человек цивилизованный и вполне комильфотный… Долго служил в администрации Туркестанского края. …Будучи человеком внимательным и умным, отлично, вероятно, узнал всю подноготную мусульманских стран, народов и правительств. Как на ладони, видит и знает всю совокупность мусульманского мира. … Лично знаком со многими известными лицами из числа мусульман и в России, и в Средней Азии, и в Индии, и в Киргизской степи, и т. д. … Блестяще владеет русским языком, говором и письмом. Идеи высказывает прогрессивные, и даже … когда нужно, либеральные. Обращением и манерами отличается ловкими и … светскими, а также смелостью и умением держать себя с достоинством, но без дерзости, перед кем бы то ни было». Упоминание в характеристике о либеральных идеях и взглядах, хотя и высказываемых Ш. Ибрагимовым «когда нужно», и послужило, по-видимому, главной причиной отказа ему в предоставлении должности «по ведомству просвещения».

Конкретизируя цели и задачи Ш. Ибрагимова на посту консула в Джидде посол Российской империи в Константинополе А. И. Нелидов отмечал (13.05.1891), что акцент в деятельности вверенного Ш. Ибрагимову представительства «должно сделать на покровительстве паломникам нашим», ежегодно направляющимся «на поклонение мусульманским святыням в Мекке и Медине». Консульству надлежало «понимать и разделять нужды паломников», ибо именно в этом и состояла главная цель открытия консульства в Джидде и назначения консулом «представителя мусульманского вероисповедания». Особое внимание при этом посол рекомендовал обратить на тех русских подданных, которые после хаджжа «оставались на жительство в Аравии» и зарабатывали тем, что «занимались обиранием соотечественников». Ш. Ибрагимову предписывалось «выяснить пути следования паломников в Мекку через различные местности. Собрать статистические данные об их числе и местах проживания». Представить соображения о том, какое влияние оказывает паломничество в Мекку и Медину на «миросозерцание мусульманских нардов, особенно в политическом отношении»; «как почитается султан-халиф, вождь правоверных, в различных средах мусульман» (12).