Внутренняя политика в 1560-е годы концентрировалась на вопросах наследования престола, матримониальных намерениях Елизаветы и шотландской проблеме. Поднятый уже на первой неделе сессии парламента 1559 года вопрос о наследнике престола Англии несколько раз приобретал особую остроту: в октябре 1562 года, когда королева подхватила оспу; в декабре 1564 года, когда она «серьезно заболела дизентерией»; в октябре 1572 года, когда Елизавета стала жертвой лихорадки, и осенью 1584 года после убийства Вильгельма Оранского. Мария Стюарт была самой серьезной претенденткой по династическим основаниям: она приходилась внучкой Маргарите Тюдор и Якову IV Стюарту. Однако по условиям Третьего акта о престолонаследии (1544), а также согласно последней воле и завещанию Генриха VIII леди Кэтрин Грей (младшая сестра Джейн Грей) имела преимущество. Кроме того, поскольку Мария оставалась католичкой, Екатерину поддерживали протестанты. Соответственно, Елизавета, которая, исходя из опыта среднего периода правления Тюдоров, стремилась не делать ничего, что могло бы создать очаг политического недовольства, отказалась признавать их притязания. Она даже отправила Кэтрин Грей в Тауэр после ее тайного бракосочетания с Хартфордом, приказав законным образом аннулировать брак и признать детей от этого брака незаконнорожденными. (В январе 1568 года Кэтрин Грей умерла, находясь под домашним арестом.)

Однако если в желании видеть вопрос о престолонаследии решенным Тайный совет был един, то в выборе кандидата в наследники члены Совета расходились. Широко признавалось, что примирение с Марией желательно, но королева Шотландии проявила самонадеянность и отказалась договариваться с Елизаветой или ратифицировать Эдинбургский договор, пока «парламент не признает ее бесспорной наследницей или приемной дочерью Ее Величества королевы». В 1563–1564 годах обсуждался план выдать Марию замуж за Роберта Дадли; Елизавета сама выступила в поддержку этого плана, когда клиенты Дадли затеяли в парламенте дебаты о ее собственном браке (12 января – 10 апреля 1563 года)[621]. Поскольку целью Дадли было жениться на самой Елизавете, этот маневр останавливал его до сентября 1564 года, когда Елизавета дала ему титул графа Лестера. Англо-шотландская дипломатия пребывала в замешательстве, и в июле 1565 года Мария предприняла односторонние действия, заключив брак со своим кузеном Генри Дарнли, сыном графини Леннокс[622]. Одним шагом она объединила два шотландских права на английский престол и укрепила собственные притязания, поскольку Дарнли родился в Англии, владел землей в Йоркшире и поэтому имел неоспоримое законное право наследовать собственность в Англии. Елизавета излила свою ярость на Лестера и постаралась ограничить ущерб, но ее обыграли.