Затем Сидни направил свое внимание на Манстер, где схватки Фицджеральдов, графов Десмонд, с Батлерами, графами Ормонд, разорили большие районы Лимерика, Типперэри и Килкенни. В последней междоусобной войне тюдоровских пэров Джеральд, четырнадцатый граф Десмонд, разбил Томаса Батлера, одиннадцатого графа Ормонда, при Аффане, у реки Блэкуотер ниже Лисмора (февраль 1565 года). Обоих графов призвали ко двору, и они покорились Елизавете, однако Десмонд не выполнил своих обязательств. Весной 1567 года Сидни его арестовал. Графа отправили обратно в Лондон и посадили в Тауэр. Однако в результате его смещения образовался вакуум власти. К тому же появление в Манстере английских авантюристов, объявлявших себя наследниками норманнских завоевателей Ирландии, показалось жителям угрозой имущественным правам ирландцев. Кузен графа Десмонда, беспринципный Джеймс Фицморис Фицджеральд, устроил так, что его избрали «капитаном» Десмонда, запросил помощи католиков и зарубежных стран и поднял восстание в Юго-Западной Ирландии (июнь 1569 года). Восстание быстро подавили, хотя Фицморис не сдавался до января 1572 года. Затем графу Десмонду позволили вернуться в Ирландию. Он вызывающе носил ирландский национальный костюм, укрепил крепости на своей территории, и Берли заподозрил его в обмане. Замок Десмонда Дерринлаур захватили, а защитников казнили (август 1574 года)[886].

Елизавета тем временем учредила местные советы в Коннахте и Манстере в 1569 и 1571 годах по образцу Совета Севера и Совета Марок Уэльса, но с подотчетностью Тайному совету Ирландии. Однако когда председатели этих советов предприняли прямые шаги против местных магнатов и их слуг, а также ввели английское право за счет гэльских институтов, эти шаги вызвали ответную реакцию такой силы, что работу советов пришлось временно приостановить. Создалась атмосфера, в которой к лояльным подданным стали относиться как к ирландским «врагам» – цена отношений короны с сообществом оказалась высокой. Затем после буллы Пия V Regnans in excelsis ирландская оппозиция обратилась к католическому миру. Их обращение привело сначала к спланированному Томасом Стакли вторжению в Ирландию, которое финансировал папа Григорий XIII (1578), а затем к экспедиции, организованной совместно Фицморисом и Николасом Сандером, изгнанным лидером английских рекузантов, получившим должность папского нунция. Высадившись в Смервике, эта странно подобранная парочка подняла папский штандарт, разбила укрепленный лагерь и завербовала графа Десмонда, чьи финансовые затруднения в итоге привели его к измене (июль 1579 года). Случился крупнейший кризис со времен восстания Килдэра, поскольку Елизавета еще никем не заменила Сидни, которого уже отозвала, потеряв доверие к его интервенционизму. Первым взялся за оружие Манстер, затем Ленстер, добавились беспорядки в Ольстере и Коннахте. Проигрывающие мятежники и их итальянские и испанские помощники сначала сдались сэру Николасу Мэлби и сэру Уильяму Пелхэму, а позже новому лорд-наместнику лорду Грею Уилтону[887].