Фиксируя в дневнике свои встречи с поэтом, Афиногенов использовал дневник и для записи некоторых других бесед, в которых он стремился прийти к пониманию своей судьбы. 4 сентября 1937 года, через три дня после исключения из Союза писателей, он описал воображаемую сцену допроса. Эта длинная запись показывает, насколько лихорадочно он обдумывал надвигавшийся арест, обвинения, которые против него могут выдвинуть, и то, как он на них ответит. «Протокол допроса», написанный в форме диалога между «следователем» и повествователем, говорящим о себе в первом лице (которого я буду называть Афиногеновым), свидетельствует также о том, что Афиногенов не мог не осмысливать свою личную судьбу в понятиях драматургии. На всемирно-исторической сцене начинался решающий акт жизни писателя-коммуниста. Он знал, что этот акт станет поворотным пунктом, но как именно все разрешится, оставалось неясным.

Вновь и вновь в этом описании воображаемого допроса следователь подталкивает Афиногенова к тому, чтобы тот признался, что вел «контрреволюционную работу», будучи «связан с подлыми врагами народа», и сознался в «очень большой вине». Афиногенов, со своей стороны, заявлял, что не знает, почему арестован. Он не признавал за собой никаких преступлений против советского строя и считал, что «невиновен перед обществом». Его изгнание из общества «несправедливо», тем более что с весны 1937 года он изменился. У него уже нет ничего общего с прежним Я, которое, как он признавал, не было совершенно невинно. Во время допроса — и в этом подследственный соглашался со следователем — на карту была поставлена прежде всего чистота совести коммуниста Афиногенова. Как и Пастернак, Афиногенов был привержен идеалу внутренней чистоты, но это была не чистота причащения художника к своему творчеству. Афиногенов рассматривал себя в первую очередь как строителя нового мира. Душевная чистота была необходимой предпосылкой вхождения в этот новый мир, и она могла быть засвидетельствована лишь защитником нового мира — НКВД. Афиногенов просил следователя осуществить глубокую «морально-политическую оценку» его дела. Как только его чистота будет засвидетельствована, он сможет вернуться в общество и в его передовой отряд — Коммунистическую партию. Эта проверка может продолжаться целых три года, предполагал Афиногенов. «А может быть, и пять», — замечал следователь, имея в виду время, которое Афиногенову предстояло провести в тюрьме или ссылке, прежде чем он станет достоин реабилитации. Протокол заканчивался выражением готовности следователя записывать показания Афиногенова: «Итак, начнем по порядку… (Приготовляется записывать)».