Ковалевский получил образование на месте своей родины, в Харьковском университете, откуда по окончании курса в 1828 году и вышел со званием «действительного студента». Замечательно, что на следующий же год, имея 18 лет от роду, он бросил Петербург, где нашел себе место в департаменте горных дел и уехал в Сибирь, по приглашению брата своего, известного Евграфа Петровича Ковалевского – впоследствии министра народного просвещения, а тогда главного начальника Алтайских горных заводов. Евграф Петрович был 20-ю годами старше своего брата Егора. Из формулярного списка последнего мы видим, что он занимал должность правителя дел в канцелярии начальника Алтайских заводов, перешел на службу по Уральским заводам, сделался смотрителем золотых промыслов в Екатеринбургском округе, где еще прежде занимался открытием золотоносных приисков для казны и, наконец, в 1836 году, при поставлении всего горного ведомства на военную ногу, переименован из горного чина в капитаны. На следующий год он прибыл в Петербург, сопровождая партию казенного золота, и тут произошла та перемена в его судьбе, которая определила всю дальнейшую его карьеру. Черногорский владыка, известный просветитель своей страны – Петр Негош – просил русское правительство о присылке опытного инженера для исследования природных богатств Черногории. Министерство иностранных дел обратило глаза на молодого Ковалевского, уже делавшегося заметным, как исследованиями своими, которые он печатал в «Горном Журнале», так и привычками неутомимой деятельности на избранном им поприще. Командировка эта требовала и большой политической осторожности. Черногория находилась тогда в неприязненных отношениях к Австрии, которая вторглась даже в ее пределы. Положение было опасное как для Черногории, так и для европейского мира вообще. Ковалевский, по собственной личной инициативе, дал маленькой геройской земле советы, которые много способствовали к тому, чтоб восстановить порядок на границах обоих соседей. С тех пор Ковалевский предъизбран был на дипломатические поручения, преимущественно в славянские и восточные земли, поручения, всегда связанные с учеными, этнографическими и экономическими вопросами. Так, он отправлен был 17-го марта 1839 г. в Бухарию, но, кажется, на этот раз не имел возможности достичь своей цели и только примкнул к известной хивинской экспедиции гр. Перовского, при чем, как видно из высочайше объявленного ему, наравне с другими, благоволения, участвовал в лишениях и опасностях упорной защиты Акбулакского укрепления. Мы находим значительный перерыв в его жизни дипломатического агента, начиная с 1840 года, когда он возвратился из экспедиции в Хиву и до 1846 года, когда он сопровождал на уральские золотые прииски египетских инженеров, посланных Мегметом-Али для изучения металлургического дела. Через два года (1847) он сам отправился к знаменитому египетскому паше для «установки разработки открытых там (в Египте) золотоносных россыпей» – как было сказано в предписании, но он значительно расширил программу своих занятий. Он воспользовался этой миссией для того, чтоб совершить свое известное путешествие внутрь страны для определения верховьев Нила и побывать в Абиссинии у покойного и сверженного императора Феодора. Едва успел он возвратиться из этой командировки, как назначен был (1849) сопровождать нашу миссию в Китай и водворить ее в Пекине, на основании старых обычаев, требовавших, чтоб духовное наше посольство сопровождалось особым официальным приставом. В июле 1850 года он вернулся в Кяхту, но через полгода, как сам говорит в своем описании этого вояжа, опять потянулся «длинным караваном в Китай, – только в другую часть его, по другому пути». Новый путь этот, давно требуемый нашим купечеством, лежал через Монголию и движение длинного каравана помогло Ковалевскому заключить известный кульджинский торговый трактат с пекинским правительством, открывший для русских негоциантов Западный Китай и два пункта для их контор или факторий (Кульджа и Чугучак). Трактат послужил основанием для всех последующих мер, относительно нового определения наших границ с Китаем. В 1851 году Ковалевский возвратился в Петербург. Самая высшая, напряженная служебная деятельность Ковалевского совпадает с грозным временем нашей европейско-турецкой войны. В 1853 году он был послан в Черногорию еще раз, при обстоятельствах, далеко непохожих на те, которые он встречал в первое посещение этой страны; но дух ее народа, должно быть, не изменился с тех пор, ибо покойный Государь остался весьма доволен результатами его поездки и пожаловал Ковалевскому богатую табакерку со своим вензелем, подобно тому, как при возвращении его из Китая назначил ему пожизненную пенсию в 600 р., увеличенную ныне царствующим Государем Императором до 2000 р. Через 4 месяца по прибытии в Петербург из Черногории, Ковалевский снова покинул его (ноябрь 1853 г.) и отправился на Дунай, к армии кн. Горчакова. Известно, что с частью этой же армии он прибыл в Севастополь, после того как политические события ограничили и упразднили его деятельность в Румынских княжествах и на Балканском полуострове. Он оставался в Севастополе, следя, со скорбной душой, за всеми эпизодами знаменитой его осады и защиты, вплоть до инкерманского дела. Конец 1855 года застает его уже в Петербурге, а в следующем году в июне месяце ему поручено было исправлять должность директора Азиатского Департамента в министерстве иностранных дел. Его карьера ученого путешественника, туриста и, как он сам выразился, «странствователя по суше и морям», кончилась с этим годом навсегда.