Тема обмана, завершающегося предательством, падения и очищающего возмужания повторяется в частях «Войны». Но здесь на смену Наташе приходит вся Россия. Офранцуженный салон Курагиных превращается во французскую Великую армию, передвигающую «театр военных действий» все ближе и ближе к сердцу России. Россия обманута, предана, обесчещена. Фельдмаршал Кутузов (слепой на один глаз, нелепый, неуклюжий, огромный) сбережет ее, но не без ужасных потерь. По ходу действия раненый Андрей умрет на руках у Наташи на окраинах охваченной пожарами Москвы, тем самым объединяя два уровня, военный и семейный. Если в «Мире» доминируют чарующие ритмы вальса, то в «Войне» скрепами являются исполняемый хором гимн, военный марш (с использованием ударных и медных духовых инструментов) и энергичная патриотическая ария. Как только эта музыкальная материя ненадолго теряет напряженность и вспоминается мирная жизнь, в нее врываются звуки вальса.

В этой опере мир означает возможность земной любви и, следовательно, неизбежных любовных безумств. Напротив, война, вне всякого сомнения, облагораживает и возвышает. Мы чувствуем эту истину, наблюдая, как взрослеет Наташа (воплощение ментальности «Мира») и становится мудрее князь Андрей (на разломе между «Миром» и «Войной»). В первой сцене и герой, и героиня в равной мере поглощены собой. У дуба (это его входная ария) Андрей способен думать только о себе, своем праве на личное счастье, – и даже позднее, слушая пение очаровательной в своей сосредоточенности на себе совсем юной Наташи, он сожалеет лишь о том, что ей «дела нет до его существования». Под конец жизни Андрей, находясь на смертном одре, обращается одновременно и к ней, и к России, представляя, как она возродится, хотя он и не доживет до того времени. Война оказывает очищающее воздействие и на Наташу; в романе она обуздывает Наташино своенравие, превращая ее экстатические порывы в заботу о спасении других (например, она убеждает родных освободить телеги, забитые их вещами, и оставить все добро наступающим французам, чтобы вывезти из города раненых солдат). Однако такое лирическое развитие любви от эгоистической к бескорыстной все же является данью условностям оперы. «Война и мир» Прокофьева сложна для восприятия современной публики из-за присущих ей и характерных для сталинской эпохи помпезности и шовинистической риторики. Складывается впечатление, что такие сцены наносят ущерб и Толстому (который осуждал милитаризм, культ государства и политическую трескотню), и достоинству музыки. Глубоко лиричный Прокофьев остро чувствовал эту топорность. Когда в 1947 году его близкий друг и покровитель дирижер Большого театра Самуил Самосуд предложил ввести в оперу дополнительные патриотические гимны (в духе тех, которые исполняются в классических русских военно-исторических операх «Иван Сусанин» Глинки и «Князь Игорь» Бородина), Прокофьев печально ответил: «Не могу». Музыку для главной арии Кутузова он переписывал восемь раз. Однако парадокс этой оперы заключается в том, что ее патриотическая помпа на самом деле глубоко трогает и приносит удовлетворение – что, вероятно, указывает на глубокую связь лирического и пропагандистского, которая в сталинскую эпоху породила так много потрясающей музыки к кинофильмам. Эта эстетическая связь также соответствует музыкально-эстетическим взглядам Толстого.