Недисциплинированность комсостава и бойцов была главной причиной партизанских военных поражений. Самой распространенной формой партизанского самовольства было произвольное оставление боевых позиций, что постоянно приводило к проигрышу боя или крупным потерям тех, кто доверился ненадежному соратнику. Дисциплина в отрядах обычно была такой, что даже крупные и сплоченные соединения то и дело демонстрировали способность отказаться от выполнения приказов объединенного командования, принимаясь действовать самостоятельно. Во время боев постоянно случались эпизоды самовольного ухода отдельных подразделений с позиций, что предопределяло неудачный исход важных сражений.

Партизаны армии А. Кравченко 14 февраля 1919 года проиграли на Южно-Канском фронте бой за деревню Мельничную, поскольку командир Канского полка М. Т. Савицкий, как вспоминал его недоброжелательный и болезненно честолюбивый коллега К. А. Жестиков, отказался идти в атаку, заявив: «Пусть сражаются, а я не поеду». На заседании Главштаба Кравченко предложил Савицкого расстрелять. Шаклейн, Лидин-Пуляев и другие это предложение поддержали, «…но Савицкий расплакался и заявил: „Врагом рабочему классу я не был и не буду[,] и свою преданность делу рабочего класса я докажу на деле, если вы меня освободите“. Савицкого простили»[1363]. В апреле того же года действовавший в Кокчетавском уезде отряд А. И. Жиляева (1 тыс. бойцов) внезапно развернулся и ушел, бросив втрое меньший отряд Л. И. Тарана, вскоре окруженный и разоруженный алашординцами. Осенью М. М. Якимов при оставлении Богдатского хребта отказался отступать вместе с забайкальскими партизанами П. Н. Журавлёва и «ушел самовольно партизанить». В конце октября 1‐й Алейский полк Западно-Сибирской крестьянской красной армии отказался идти на Семипалатинск[1364].

В апреле 1920 года несогласованность действий партизан и частей НРА обусловила неудачу наступления на Читу. А во время ликвидации «читинской пробки» в конце того же года командовавший 2‐й Амурской армией С. М. Серышев сорвал ликвидацию группировки белых, под предлогом пурги и морозов своевольно остановив наступление на двое суток. По мнению Г. Х. Эйхе, это позволило уйти в Приморье 3‐му корпусу генерала В. М. Молчанова и создать «гродековскую пробку», что повлекло в мае 1921 года ликвидацию власти ДВР в Приморской области[1365].

Во время боев с Унгерном под Троицкосавском в июне 1921 года начальник 35‐й дивизии К. А. Нейман сообщал члену Реввоенсовета 5‐й армии К. И. Грюнштейну: «…в этой операции сегодня утром нас подвели части ДВР, у них там большая партизанщина. На рассвете, когда наши кинулись в атаку, части ДВР самовольно оставили фронт и пошли в город чай пить. Можно ли за такие вещи расстреливать каждого 10[-го]?» В ответ Грюнштейн отправил на помощь Нейману выездную сессию реввоентрибунала[1366]. В. К. Блюхер вспоминал, что на приказы наступать «старые партизаны» летом 1921 года ему отвечали: «С товарищами обсудить надо»; как деликатно пояснял маршал, из‐за подобных обсуждений его приказов отряды «конечно[,] опаздывали»[1367]. Начальник Забайкальского облотдела Госполитохраны (ГПО) Ю. М. Букау 29 августа 1921 года сообщал из Сретенска директору ГПО, что в Горбицу зашла банда хунхузов (около 40 китайцев и до 10 русских), а в Усть-Черную направилась некая «шайка с красными флагами[,] наз[ывающая] себя Правит[ельственными] войсками», и просил у начальника Забайкальской кавдивизии Я. Н. Каратаева 50 всадников. Однако Каратаев отказал даже в такой небольшой помощи[1368].