Из-за трудностей с книгопечатанием не осуществился начатый в середине 1919 г. проект издания новой Еврейской энциклопедии (очевидно, на идише), во главе которого стояли И.Яшунский, Д.Рейдер, А.Иоффин, Дубинский, Лапидус, Меламед. В редакцию входили Динабург, Лацкий, Литваков, Литвак, Лещинский, Кальманович, Штиф. Проведя ряд заседаний и потратив имевшиеся деньги, редакция так и не выпустила ни одного тома.

Лишенное своих учебных заведений ОПЕ, как и ЕИЭО, было вынужденно сосредоточиться главным образом на научной деятельности, объем которой резко сократился. В 1919 г. ОПЕ выпустило три книги на идише. Две из них, написанные публицистом Шмуэлем Розенфельдом (1869-1943), были посвящены деятелям Хаскалы, а третья — Израиля Сосиса — социально-экономической истории российских евреев в начале 19-го века. Дела ОПЕ, видимо, несколько поправились, когда в ноябре 1921 г. его удалось зарегистрировать в списке научных учреждений Петроградского Академического центра. Библиотека ОПЕ, в которой хранилось около 60 тыс. печатных изданий, коллекция редких рукописей и 300 произведений искусства, стала получать ассигнования от ГубОНО.

При НЭПе еврейская научная жизнь в Петрограде оживилась. Продуктовые посылки Фонда помощи еврейским ученым и писателям России, учрежденного в Берлине в начале 1922 г., облегчали положение деятелей культуры и науки. Снова появилась возможность относительно независимой издательской деятельности, что позволило напечатать в Петрограде ряд книг по еврейской истории. Две книги Дубнова Евреи в царствование Николая 2-го (1922) и Евреи в России и Западной Европе в эпоху антисемитской реакции (1923) вышли вскоре после эмиграции историка. Соломон Лурье выпустил книгу Антисемитизм в древнем мире (1922), которая перекликалась содержанием с тогдашними проблемами российского еврейства. Саул Гинзбург опубликовал тиражом в полторы тысячи экземпляров свой труд Минувшее, исторические очерки (1923). Нахум Бухбиндер выпустил в 1925 г. монографию История еврейского рабочего движения в России, описывавшую в основном борьбу Бунда. Юлий Гессен переработал и издал в двух томах свою Историю еврейского народа в России (Т.1, 1925; Т.2, 1927), после чего оставил еврейскую тематику. История Гессена касалась больше правительственной политики по отношению к евреям, а не еврейской жизни как таковой. Это объяснялось, во-первых, тем, что Гессен как до, так и после революции имел лучший доступ к государственным архивам, чем многие его коллеги; во-вторых, он не использовал собственно еврейские источники, поскольку, по свидетельству И.Цинберга, был «в еврейской грамоте не сведущ». В 1922 г. ОПЕ выпустило научнолитературный сборник Еврейская мысль под редакцией С.Гинзбурга. Разумеется, только часть издательских планов могла быть осуществлена. Так, Цинберг, убедившись, что его монография по истории еврейской литературы не имеет шансов быть опубликованной целиком в советской России, заключил договор с издательством в Вильно. Одной из причин, побудивших Дубнова эмигрировать в 1922 г. в Германию, было его стремление опубликовать свой opus magnum Всемирная история еврейского народа одновременно на иврите, русском, немецком и идише, что в условиях России было невыполнимо.