В 1923 г. в Петрограде в процессе обязательной перерегистрации было закрыто большинство гуманитарных обществ, но около ста чисто научных обществ не тронули, потому что советское правительство было заинтересовано привлечь на свою сторону ученых, сконцентрированных в таком крупнейшем академическом центре, как Петроград. ОПЕ было зарегистрировано как научное общество с правом деятельности только в Петрограде и его губернии и без права работать «среди широких масс», как хотелось его учредителям.

Активизировалось, получив средства из-за границы, и ЕИЭО. Как и ОПЕ, оно лишилось всероссийского статуса и было вынужденно ограничить свою работу лишь наукой, хотя его новый председатель, бывший народник, профессор этнографии Лев Штернберг мечтал о том, чтобы Общество прежде всего формировало национальное самосознание еврейского народа и через осмысление прошлого определяло его национальные цели, так как «народ без национальной цели, без идеала, жить не может». Несмотря на формальное ограничение своих функций, возрожденное ЕИЭО, как и прежде, стремилось к просвещению еврейского населения и тесному сотрудничеству с другими общественными организациями. В 1923 г. вновь открылся Музей ЕИЭО. Председателем Музейной комиссии стал академик скульпторы И.Гинцбург, а хранителем — молодой художник Соломон Юдовин (1892—1954), участник этнографических экспедиций Ан-ского. Товарищем председателя Музейной комиссии был избран Абрам Брамсон (с 1927 г. — председатель). Музей располагался в помещении Убежища для престарелых, а Брамсон возглавлял ЛЕКОПО, опекавшее Убежище. Годом позже вышел 11-й том Еврейской старины, в котором отразился этнографический «уклон» нового председателя. В 1927 г., во время печатания 12-го тома, Штернберг умер, поэтому последний, 13-й том вышел в 1930 г. под редакцией И.Цинберга, последнего председателя ЕИЭО.

Интересы членов ЕИЭО распространялись и за пределы России. Так, Комиссия по изучению еврейских древностей, действовавшая при Обществе под председательством Якова Эйгера, занималась формированием картотеки современной научной (в первую очередь — медицинской) терминологии на иврите на основании лексики Талмуда. Эту терминологию разработчики надеялись внедрить в возрожденной Эрец-Исраэль. Один из членов Комиссии, Владимир Иоффе, опубликовал в палестинском журнале Харефуа (медицина), статью по микробиологии, в которой он использовал новые термины. Выход под эгидой ЕИЭО трех сборников Вопросы биологии и патологии евреев (1926, 1928 и 1930 гг.) указывал на не прервавшуюся связь ученых с еврейской общественностью города, в данном случае — с деятелями распущенного ОЗЕ, из которых при Обществе была образована Комиссия по изучению психофизики евреев.