В связи с ревизией национальной политики в конце 20-х и начавшимся разгромом находившейся тогда в Ленинграде Академии наук у ОПЕ и ЕИЭО, бывших в глазах властей одновременно «националистическими» и «буржуазными», не оставалось шансов выжить. В сентябре 1928 г. Трибуна сообщила, что журналист Соломон Непомнящий собирается конфисковать в архиве ЕИЭО фонд еврейских депутатов Государственной думы и передать его в Москву в якобы образованное при Наркомпросе Всероссийское общество по изучению еврейской истории, литературы и языка. В июне 1929 г. тот же Непомнящий на страницах Трибуны напал на ОПЕ и ЕИЭО, призывая перейти от бойкота «этого очага петербургщины» к «обращению на нашу сторону людей, по ряду мотивов отставших от нашего социалистического строительства и копошащихся в пыли». Эти слова, напечатанные в разгар всеобщей травли петербургской науки, были, в сущности, парафразой тезиса Покровского о том, что «период мирного сожительства с наукой буржуазной изжит до конца».

С июля 1929 г. в Ленинграде начала работать правительственная комиссия по чистке аппарата АН во главе с Ю.Фигатнером. Чистка выразилась в многочисленных увольнениях и арестах. В конце октября был уволен непременный секретарь АН академик С. Ольденбург. В ноябре-декабре из Библиотеки АН было увезено в Москву огромное количество исторических документов. По подсчетам Ф.Перченка, всего в связи с «Делом АН» с октября 1929 г. по декабрь 1930 г. было арестовано не менее 150 человек, две трети которых составляли историки, музееведы, краеведы, архивисты, этнографы.

Одновременно с «чисткой» Академии наук в октябре 1929 г. в Ленинграде работала Комиссия по обследованию политического состояния еврейских организаций города. ОПЕ и ЕИЭО проверялись Рогальским (Евсекция), Гильманом, Шидловским (Евдомпросвет) и Элентухом. Комиссия, не имевшая в своем составе ни одного научного эксперта, за один день «обследовала» деятельность ЕИЭО и его музея. Руководствуясь заключением Комиссии, Ленинградский Облисполком постановил ликвидировать ЕИЭО, о чем 9 декабря 1929 г. было сообщено его Комитету. Тогда же было закрыто и ОПЕ. Предлогом ликвидации ЕИЭО была избрана его связь с эмигрантом Дубновым, хотя в действительности это было результатом пересмотра национальной политики в масштабах страны, а также частью разгрома петербургской науки, учиненного ее московскими конкурентами. Не случайно эпитет «петербургские» употреблялся в статьях, направленных против ОПЕ и ЕИЭО, в неизменно презрительном смысле.

Музей, архив и библиотека обществ были закрыты; ценнейшие собрания книг, древних рукописей, исторических документов и художественных ценностей были утрачены или рассеяны по государственным хранилищам Ленинграда, Киева, Одессы, Минска, Москвы\ После ликвидации обществ последний председатель ОПЕ Саул Гинзбург, должно быть, напуганный арестами научных работников в Ленинграде, эмигрировал в США.