Академическая наука уходила корнями в христианскую библеистику, не признававшую существования единого еврейского народа после разрушения Второго храма. Поскольку марксизм унаследовал эту точку зрения, кафедры по новой еврейской истории не появились в Ленинграде ни в одном вузе, она не изучалась и в академических институтах. Старой профессуре столь же чужда была и классовая еврейская история, насаждавшаяся Евсекцией в Киеве и Минске, но практически не прижившаяся в Ленинграде. Не только Лозинскому, Гинзбургу, Цинбергу, но и марксистам Бухбиндеру и Сосису, как еврейским историкам, не было места в ленинградских академических учреждениях, поэтому после закрытия ОПЕ и ЕИЭО в официальной науке смогли удержаться только исследователи древности. Не последнюю роль играли и антиеврейские настроения некоторых профессоров. Ректором университета в середине 20-х стал переметнувшийся к коммунистам бывший член Союза русского народа Николай Державин (1877-1953), что едва ди способствовало росту процента евреев на кафедрах по изучению еврейских наук. С другой стороны, еврейские ученые, не принятые в официальную науку, были менее зависимы от идеологического диктата, в то время как их университетским коллегам-неевреям было труднее сохранять принципиальность. Более стойкие из них — П.Коковцов и его ученики М.Соколов и А.Борисов — не побоялись отвергнуть «глоттогоническую» теорию Н.Марра, объявленную в конце 20-х «марксизмом в языкознании». В то же время В.Струве поспешил внедрить марксизм-ленинизм в изучение общественных отношений на Древнем Востоке. Не удовлетворившись туманным определением Маркса «азиатского способа производства», он «обнаружил» на Древнем Востоке, в том числе и у евреев, рабовладельческую формацию.

Несмотря на существенную дистанцию между официальной и неофициальной иудаикой, не было того бойкота еврейских научных обществ, который хотели видеть власти. Такие «официальные» ученые, как гебраист Франк-Каменецкий, библеист Винников, семитолог Коковцов, историк древнего мира Струве, этнограф Штернберг участвовали, хоть и в разной степени, в работе ПЕНУ, ОПЕ или ЕИЭО. В свою очередь некоторые ученые из еврейской среды (С.Винер, Д.Маггид, И.Равребе, И.Маркой, И.Гинцбург) работали в академических учреждениях. Когда в 1928 г. в Рас-Шамра начались раскопки древнего финикийского города Угарита, И.Равребе, наряду с И.Франк-Каменецким и Н.Никольским, одним из первых начал изучать угаритскую письменность. Гебраист А. Борисов и студент восточного факультета Роберт Левин даже принимали участие в нелегальном литературном кружке Хаима Ленского (см. ниже).