30-е стали фатальными для ленинградского востоковедения, в частности для специалистов по еврейским наукам, как евреев, так и неевреев. Первой жертвой оказался гебраист Соколов, арестованный в 1933 г. и расстрелянный в 1937 г. В 1934 г. был заключен в тюрьму и погиб студент-востоковед Р.Левин. С января 1938 г. по 1939 г. повторно оказался в заключении студент ЛГУ И.Амусин, обвиненный в «участии в групповой террористической организации» студентов. В феврале 1938 г. во время повальных арестов востоковедов взяли И.Гринберга и, видимо, тогда же Н.Ериховича (1913-1946 или 1947).

4 апреля 1938 г. органы НКВД арестовали 66-летнего Израиля (Сергея Лазаревича) Цинберга. Его обвинили в принадлежности к контрреволюционной организации. Следствие вел лейтенант госбезопасности (чин НКВД, равный армейскому капитану) Фейгельштейн, который «сколотил» контрреволюционную организацию из знакомых Цинберга, собиравшихся у него по пятничным вечерам, чтобы поговорить о еврейской литературе и на еврейские темы вообще. На следствии упоминались ивритские литераторы Хаим Ленский и Нахум Шварц, поэт-идишист Хаим Левин, историк Сергей Лозинский, бывший секретарь ОПЕ Самуил Каменецкий, товарищи Цинберга по давно распущенной Фолкспартей Иосиф Клейнман и А.Перельман, гебраист Иехиэль Равребе, специалист по идишу М.Гитлиц, любители еврейской культуры: бывший член ЕРКП Беньомин-Зеэв Блюм-Махлин, инженер Пейсах Смоткин, а также некто Голубчик. Многие из них к тому времени были уже арестованы, подобно Голубчику, который показал на следствии, что Цинберг в беседах с друзьями сетовал на отсутствие демократических свобод в СССР и на гибельные последствия политики ВКП(б) на судьбу еврейского народа. Следствию удалось получить показания против ученого также от заключенных Смоткина и Махлина. Несмотря на твердый отказ признать себя виновным, 21 июня Цинберг был приговорен к 8-ми годам заключения и отправлен по этапу во Владивосток, где умер 3 января 1939 г. в больнице пересыльного лагеря, не дождавшись открытия навигации и последующей переправки морем в Магадан, а оттуда на Колыму.

Авторитет Цинберга на Кировском заводе, где он более 30 лет возглавлял химическую лабораторию, был столь высок, что в течение полутора месяцев после ареста его не увольняли, а часть сотрудников не отвернулась от него вопреки нормам тогдашней этики. Известный металловед, академик Александр Байков, по просьбе супруги арестованного заступился за Цинберга перед Генеральным Прокурором СССР Андреем Вышинским.

Хотя Роза Вольфовна Цинберг во всех своих жалобах в верховные инстанции, включая письмо «другу человечества» Сталину, неустанно подчеркивала, что ее муж осужден «не по линии его литературной деятельности» и что он всегда выступал против сионизма и иврита, не вызывает сомнения, что именно это определило участь ученого. По свидетельству Эрнеста Цинберга, приемного сына его дочери Тамары, Вышинский якобы сказал одному из ходатаев, что будь Цинберг только старый «спец», то можно было бы его и простить, но так как он еще и еврейский деятель, то сделать ничего нельзя.