В монастыре она как бы между прочим поинтересовалась, куда делась воспитанница Марии Ярославны, княжна рязанская, на что ей без всякого злого умысла ответили, что она давно уже, с начала зимы, разболелась, и вдовая великая княгиня увезла её с собой в свою отчину, в Ростов. Конечно, Софья тут же связала это сообщение с поездкой великого князя к матери. Что там было меж ними?
Она наблюдала за мужем, вспоминала его поведение по возвращении из Ростова и, к счастью, не находила никаких особых перемен. И Марфа Шуйская помалкивала. Прошёл уж месяц, как Софья просила её разузнать всё, что можно, о рязанской княжне, но та молчала. Да Господь с ними. Она не станет забивать себе голову подозрениями, по крайней мере до тех пор, пока её жизни никто и ничто не мешает. Она спокойно проводила мужа и постаралась более понапрасну не тревожиться и его не волновать своими расспросами.
Тем временем великокняжеские порученцы постоянно дежурили у постели митрополита и регулярно докладывали о его самочувствии. Старец то принимал и благословлял многочисленных посетителей, то, утомившись, отдыхал, то умолял не забывать его дитя — недостроенный храм Успения Богородицы. К вечеру владыка стал совсем плох, и государь отправился его навестить. У святителя совсем отнялась левая рука, застыла левая часть лица, однако он, превозмогая себя, поспешил благословить великого князя, с которым хоть и спорил порой, но всегда находил общий язык. С трудом поднимая действующую ещё правую руку, он перекрестил Иоанна, а потом у него же попросил прощения.
— За что же, отец мой? — спросил тот. — Ничем ты передо мной не виноват!
— То Богу виднее, а ты прости.
Просидев около часу возле митрополита, Иоанн вернулся во дворец. Посмотрел письма и докладные, попытался подсчитать с дьяками потери от пожара, наметить, с чего необходимо начинать восстановление утраченного, прикидывал, какой договор заключить с крымским ханом. Затем, скромно поужинав и едва добравшись до постели, моментально заснул.
Не прошло и часу, как его разбудили: митрополит Филипп скончался. Сил да и особой нужды идти теперь же к покойному у великого князя не было. Отдав необходимые распоряжения по подготовке к похоронам и мысленно попросив у старца прощения, Иоанн вновь заснул.
Днём приготовленного к упокоению и обряженного ещё ночью святителя возложили для прощания в Успенском соборе. Рядом с гробом положили его тяжёлые цепи-вериги. Иоанн раздумывал, сообщать ли о случившемся матери, которая со дня на день сама собиралась вернуться в Москву. Если посылать за ней гонца и если она захочет проститься с покойным, придётся ждать не менее четырёх дней. Так ли уж это необходимо?