Но в ту пору он был ещё достаточно молод и силён и не хотел умирать. Ему не исполнилось и пятидесяти, посты и молитвы, физический труд не только не иссушили его тело, но и закалили, укрепили, сделали лёгким и послушным. И дал он тогда обет Господу, что если помилует его, если сохранит ему жизнь, то уйдёт он от суеты мирской, посвятит себя лишь служению Ему, лишь молитве и безмолвию до тех пор, пока сам Господь иного не пожелает. А для крепости своего обещания он, больной и почти беспомощный, принял схиму.

И пощадил его Всевышний. Выздоровел Пафнутий и исполнил своё обещание. Ранней весной, взяв с собой лишь небольшой узелок с иконками Божией Матери и Спасителя, книги да сухари с котелком, засунув за пояс топорик, а в сапог нож, пошёл прочь от обители. Не забыл прихватить и мешочек с нужными семенами.

Давно приглядел Пафнутий славное место в трёх верстах от города Боровска в ложбине, в густом лесу при слиянии двух рек Истермы и Протвы. Благодатное место, где обильно водилась рыба, росли съедобные травы, ягоды и орехи, трудились пчёлы. Рассчитывал только на себя, на свои силы.

Первым делом поставил на возвышенности деревянный крест да сотворил себе келью: сделал углубление в земле и возвёл над ним деревянное покрытие, защитив себя таким образом от дождя и холода, от дикого зверя. Обустроил избушку, отделал внутри деревом, утеплил. Одновременно расчистил землю и насадил огород, вскоре поставил и часовенку. И всё — с молитвой, с радостью. Питался в основном травами и ягодами, в скоромные дни ловил рыбу, пек её на костре или варил в небольшом, принесённом с собой котелке.

Но не прожил в одиночестве и месяца. К нему начали приходить новые братья: из покинутого им монастыря, из других обителей, ставили себе кельи рядом с его собственной, подключались к общей работе. Заглядывали и христиане из соседних сел, просили помолиться за грешных и больных, приносили хлеб. Он никого не прогонял, ибо помнил слова Спасителя: «Приходящего ко мне не изгоню вон». Считал, что не имеет права не пускать к себе тех, кто желает найти спасение рядом с ним, по его правилам.

Прошло немного времени — построили вместе деревянную церковь, которая по благословению тогдашнего митрополита Ионы освящена была в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Так сам собой, или, как считал Пафнутий, благодаря покровительству самой Божией Матери, рядом с городом Боровском появилась новая обитель, которую люди прозвали Пафнутьевой.

С его лёгкой руки этот монастырь родился, при нём вырос, окреп, стяжал широкую славу и авторитет, был взят под патронаж великого князя Московского. Сюда шли со всей Руси и даже из Литвы православные люди за праведным словом, за спасением, за советом, делали вклады. Братия отстроилась, появились прочные просторные кельи, своя мельница, пруды, огороды, конюшня с лошадьми, волы, трапезная, странноприимная палата, пекарня. Недавно вот и богатую церковь каменную поставили. Теперь всё есть у братии для спокойного служения Богу. Свой долг земной он выполнил. Конечно, замечал в последнее время Пафнутий нестроение среди братии, взаимную нелюбовь, суету, видел и таких, что пришёл не Господу служить, а пристроиться, чтобы обрести покой. Но он знал главное: если Матерь Божия не захочет, не оставит своей заботы об обители, то она не пропадёт и после его смерти.