В этой ситуации пятый Московский собор русских святителей 1447 года от Р. X. принял решение о поставлении собственного митрополита Московского и всея Руси Ионы. Без утверждения Константинопольским патриархом.
Но не все русские святители согласились с решением этого собора. Не одобрил его и Пафнутий, сторонник традиции и порядка. Он осудил самочинное назначение Ионы на кафедру без благословения патриарха, отказался признать его митрополитом и выполнять его пастырские распоряжения, хотел даже отдаться под руку нового официально благословлённого в Константинополе митрополита Киевского и всея Руси Гервасия. За это был вызван в Москву, а там, неожиданно для себя, заключён в оковы, а в качестве главного средства убеждения отведал своей собственной спиной пастырского жезла, который надолго оставил на спине крепкие отметины. А чтобы сделать Пафнутия покладистей, новый митрополит засадил его в темницу, как последнего разбойника — в грязь, в холод. Отродясь он такого унижения не отведывал.
Даже теперь, через тридцать лет после случившегося, на краю пути своего, поёжился Пафнутий от этого воспоминания.
Тогда Иона добился-таки своего, убедил игумена признать свой сан. Давно уж нет Ионы в живых, вот и он, Пафнутий, следом за ним собрался, а до сих пор не знает, правильно ли поступил тогда, что уступил митрополиту, что научился покоряться начальству, даже если приходилось идти против своей совести. Хотя ещё Апостол Павел учил: «Нет власти не от Бога». Теперь всё это позади и не имеет никакого значения. Всё это суета. Теперь его главная забота — о душе своей бессмертной.
Увидев, что остался один в келье, Пафнутий с трудом поднялся на ноги, представ перед иконой Спасителя, и с жаром несколько раз подряд прочёл молитву, прося Господа о помиловании. На большее у него не хватило сил. Медленно спустился он на свою постель, задумался.
День клонился к закату, наступал вечер, его последний в этом мире. Как-то встретит его тот, иной мир, пред которым он надеялся предстать на следующий день. Как там? Что там? Несколько раз мелькали у него сомнения, а вдруг там его ждёт лишь пустота? И останется от него, от Пафнутия, только прах, изъеденный червями. Но он тут же отмёл сие греховное сомнение. Многие поколения святых отцов Церкви, их опыт и учения, всё говорило о том, что за этой плотской тяжёлой жизнью следует непременно новая духовная жизнь, жизнь в иных правилах и измерениях, более радостная и счастливая, не обременённая телесными тяготами и потребностями. Да он и сам видел её, чувствовал. Конечно, она существует не для всех, лишь для избранных, для тех, кто смог воспитать и взрастить в себе мощный дух, который по смерти тела не разлетится в прах, не растает, как пар, выпущенный из кастрюли. Вероятно, это случается со слабыми людьми, с их хрупкими, грешными душонками, которые и Божьего-то суда не достойны. Но и здоровая, крепкая душа должна ещё выдержать испытания мытарствами, быть чистой и безгрешной, чтобы не быть отданной на растерзание бесам, низвергнутой в ад.