На другой день великий князь проснулся, как всегда, рано и потребовал к себе дьяков с записями жалоб и речей пострадавших. Ещё раз читал их, сравнивал, перепроверял. Всё сходилось на том, что действительно Василий Ананьин со своими дружками — детьми боярскими Богданом Есиповым, Иваном Лошинским да Фёдором Исаковым и с другими били и грабили именно тех людей, которые особенно активно поддерживали его во время первого похода на Новгород. Среди грабителей назывались имена Григория Тучина, Василия Никифорова, Матвея Селезнёва, Ивана Афанасьева с сыном. По свидетельству многих очевидцев, они не только грабили, но и ругали великого князя Московского, хулили его властолюбие, его слуг, говорили, что не боятся его.

Чтобы уточнить вину каждого из упомянутых, Иоанн вновь пригласил на беседу старост улиц Славковой и Никитиной, а с ними и наиболее пострадавших, чьи дома были пожжены и порушены, а слуги перебиты: Ивана Кузьмина, Трофима Григорьева, Василия Фомина, Григория Киприянова. Положа руку на сердце Иоанну не столько хотелось восстановить справедливость в вольном городе, сколько поддержать своих сторонников, поднять их дух, а главное, оставить у новгородцев понятие о себе, как о справедливом и честном государе. Ему нужны были здесь новые и новые сторонники, иначе нельзя было рассчитывать на поддержку большинства горожан в случае новой смуты. А она, чувствовалось, зреет. Видел Иоанн, что не хочется местным хозяевам иметь над собой ещё какую-либо силу. Даже архиепископ за пять минувших лет вошёл во вкус власти и теперь вовсе не желал делить её с кем-то. Возможно, и он теперь не против перейти под покровительство Казимира Литовского, чьи права на город останутся лишь косвенными.

Великий князь глядел на страшные раны пострадавших, которые те по его просьбе демонстрировали, скидывая свои кафтаны и задирая рубахи и порты, показывали обрубленные руки, перечисляли разграбленное, и думал, как поступить дальше. Ещё день совещался он со своими боярами Палицким, Патрикеевым, Русалкой, Холмским, Образцом и другими. Решили главных зачинщиков разбоя, чья вина бесспорна, немедля арестовать и отправить под конвоем в Москву в заточение, остальных обвиняемых тоже схватить, но оставить под стражей в Новгороде до окончания расследования.

В конце ноября начались аресты, в которых участвовали не только московские приставы и дети боярские, но и затребованные у владыки в помощь приставы местные. Сначала взяли лишь исполнителей преступлений, людей попроще.

Суд над главными зачинщиками измены Иоанн устроил прямо в митрополичьем дворе в Грановитой палате, куда собрались лучшие люди Москвы и Новгорода, бояре и воеводы, посадники и тысяцкие. Присутствовал, безусловно, и архиепископ Феофил. Сюда же привели и пострадавших свидетелей, растерянных от подавлявшего их блеска дорогих нарядов, убранства палаты, ярких фресок, присутствия важнейших бояр, злобных взглядов знатных земляков и обвиняемых.